1.结扎失败：女性结扎并不是百分之百的成功，因为可能有输卵管廔管的生成，特别是以腹腔镜进行结扎，组织烧灼不完全时发生的机率更高。
2.子宫外孕：如果结扎失败，那么造成子宫外孕的机率会大大的提高，以一般的开腹结扎失败会增加10倍子宫外孕的机会，以腹腔镜会增加高达50倍的机率。
3.女性结扎后症候群：结扎后症候群是指结扎后所产生的骨盆腔不适疼痛，卵巢囊肿及月经疼痛，为什么会有这些症状，原因并不是十分清楚。
除上述的副作用外，因为需在全身麻醉下进行结扎，所以也必需承受全身麻醉的副作用。女性结扎是将输卵管结扎并没有伤害副卵巢或其它的生殖器官，所以对于女性的性功能及体内荷尔蒙的变化并没有影响，但也有学者报告结扎后的妇女血液中动情素会上升，黄体素会下降，造成这个现象的原因，可能是结扎时伤害到子宫卵巢动脉造成黄体期功能不全所致。
有些妇女结扎后脾气暴躁或变胖，可能是心理作用，这些妇女如果接受输卵管再接通手术，不管有或没有成功接通（大部分没能成功），但这些症候都消失了。
